万方毕业论文查重系统检测的原理是基于文本比对技术，通过与万方数据库中的文献进行比对，检测论文中的相似度。系统会对论文进行分析，包括语法、语义、词汇等方面，找出与已有文献相似的部分。论文结构优化则是指根据查重结果进行修改，调整论文结构，以降低相似度，提高查重通过率。优化包括修改句子结构、词汇替换、引用格式调整等。

万方毕业论文查重系统检测与论文结构优化的原理是基于文本相似度比对和结构调整。系统通过与万方数据库的文献进行比对，找出论文中与已有文献相似的部分，然后根据查重结果进行论文结构优化，包括修改句子结构、词汇替换、引用格式调整等，以提高论文的质量和查重通过率。